La bruja repugnante Gruntilda se topa con el invento perfecto: una máquina para transformar la fealdad en belleza. Dado que los espejos se rompen cada vez que se acerca, Gruntilda estaba buscando un nuevo cambio de imagen, especialmente después de años de ver a su hermana tener todas las opciones de brujos. Desgraciadamente, antes de que la transformación pudiera comenzar, primero necesitaba un voluntario: Tooty, la querida hermana de un oso rasgueador de banjo.

Así comienza la historia de un oso de miel tonto llamado Banjo, una gaviota bravucona llamada Kazooie, y la bruja rima Gruntilda. Todos los personajes juegan un papel crucial al explorar los mundos coloridos de Mumbo's Mountain, Treasure Trove Cove, Clanker's Cavern, Bubblegloop Swamp, Freezeezy Peak, Gobi's Valley, Mad Monster Mansion, Rusty Bucket Bay y Click Clock Wood. Tu objetivo es derrotar a la astuta bruja y rescatar a Tooty de un cambio de imagen más extremo.

Sin embargo, antes de que los jugadores puedan ingresar a estas tierras, primero deben encontrar el número requerido de piezas de rompecabezas o notas musicales, las cuales se encuentran diseminadas por todos los mundos. Si esto parece desalentador, tenga en cuenta que Banjo no está solo en su viaje. Dado que Kazooie descansa dentro de la mochila de Banjo, los jugadores pueden cambiar entre los dos en cualquier momento para hacer uso de las habilidades especiales de cada personaje.

Como Banjo, podrás escalar, golpear, saltar, nadar y dar volteretas para llegar a nuevas áreas o vencer a los enemigos. Como Kazooie, podrás disparar huevos, realizar barcazas en el pico, subir pendientes pronunciadas, deslizarte por el aire y realizar pisadas en el pico. Juntos, Banjo y Kazooie pueden volar, voltear y realizar otras acrobacias aéreas. El primer juego de plataforma de Rare para Nintendo 64 también admite el accesorio Rumble Pak para permitirle "sentir" cada movimiento con comentarios de vibración.